Die Bibliotheken, aus denen sich das Bibliotheks- und Medienzentrum der Nordkirche zusammenfügt, haben eine weit in das 20. und teilweise sogar in das 19. Jahrhundert zurückreichende Geschichte. Ihre Aufgaben haben sich bis zur heutigen gemeinsamen Vielfalt zunächst separat entwickelt: Ursprünglich ging es um die Versorgung angehender Pastoren mit Predigtliteratur und exegetischen Entwürfen durch eine sogenannte „Kandidatenbibliothek“ sowie andererseits um die Bereitstellung von Materialien für Schule und Unterricht („Lehrmittelsammlungen und Beratungsstellen“ der Katechetischen Ämter). Weiterhin gab es eine kirchenmusikalische Sammlung zur Unterstützung der Hamburger Kirchenmusikschule.

Die Vorgeschichte des Bibliotheks- und Medienzentrums, das die Nordkirchenbibliothek und die Bibliotheken des Pädagogisch-Theologischen Instituts der Nordkirche umfasst, reicht bis ins späte 19. Jahrhundert zurück.
1895 wurde auf Initiative Georg Behrmanns (1846-1911), des damaligen Hauptpastors an St. Michaelis und Seniors der Evangelisch-Lutherischen Kirche im Hamburgischen Staate, eine „Kandidatenbibliothek“ gegründet. Über ihren ursprünglichen Zweck als Fortbildungsinstrument für angehende Pastoren wuchs sie bald hinaus, so dass sie 1929 in „Landeskirchliche Bücherei“ umbenannt wurde. Nach dem Zweiten Weltkrieg übernahm die Bibliothek zusätzlich die Funktion, die Arbeit der Kirchlichen Hochschule Hamburg und dann des Fachbereichs Evangelische Theologie der Universität Hamburg zu unterstützen. 1957 bekam die Landeskirchliche Bücherei ihren ersten hauptamtlichen Leiter, der auch bibliothekarisch ausgebildet war. 1966 wurde sie, ihrer gewachsenen Bedeutung entsprechend, in „Landeskirchliche Bibliothek“ umbenannt. 2001 bekam sie den Status eines unselbständigen Werkes der Nordelbischen Kirche. 2005 mussten der langjährige Standort an der Grindelallee aufgegeben sowie Umfang und Ausstattung verkleinert werden. 2008 erfolgte die Eingliederung als eigener Arbeitsbereich in den Hauptbereich Schule, Gemeinde- und Religionspädagogik. Nach der Fusion der Nordelbischen Evangelisch-Lutherischen Kirche (NEK), der Evangelisch-Lutherischen Landeskirche Mecklenburgs (ELLM) und der Pommerschen Evangelischen Kirche (PEK) zur Evangelisch-Lutherischen Kirche in Norddeutschland (Nordkirche) 2012 kam es zu einer engeren Zusammenarbeit mit den Bibliotheken der Pädagogisch-Theologischen Institute der Landeskirche.

Diese Einrichtungen gingen aus den „Lehrmittelsammlungen und Beratungsstellen“ der Katechetischen Ämter hervor. Sie wurden in den 1960er Jahren in der Hamburgischen und Schleswig-Holsteinischen Landeskirche aufgebaut und in die 1977 nach Entstehung der Nordelbischen Kirche in Hamburg und Kiel eingerichteten Pädagogisch-Theologischen Institute überführt. Entsprechend ihrem Zweck, die religionspädagogische Arbeit in Schule und Gemeinde zu unterstützen, sammelten die PTI-Bibliotheken hauptsächlich Medien für den Religions- und Konfirmandenunterricht. Später kam noch die Medienstelle der Nordelbischen Kirche hinzu.

Mit Bildung der Nordkirche waren die PTI-Bibliotheken bis zur Bildung des Bibliotheks- und Medienzentrums der Nordkirche Teile des Arbeitsbereichs Pädagogisch-Theologisches Institut im Hauptbereich Schule, Gemeinde- und Religionspädagogik.

Zum heutigen Bestand gehören seit 2011 auch zahlreiche Notenmateriale und Musikliteratur. Ihre Anfänge gehen in das Jahr 1934 zurück, als die Hamburgische Landeskirche eine „Kammer für Kirchenmusik“ schuf und im Amt für Kirchenmusik nach und nach eine kirchenmusikalische Sammlung aufbaute. Diese hieß ab 1938 „Landeskirchliche Musikbücherei“ und diente nach dem Zweiten Weltkrieg der Unterstützung der Hamburger Kirchenmusikschule. 1977 erfolgte die Umbenennung in „Nordelbische Kirchenmusikbibliothek.“

Unser umfangreicher Bestand an kunstwissenschaftlicher Literatur stammt aus der Stiftung Kunst und Kirche.
Diese ist hervorgegangen aus dem Kirchlichen Kunstdienst der Hamburgischen Landeskirche, den u.a. Gertrud Schiller (1905–1994) und Hauptpastor Alexander Röder (* 1960) leiteten.